Monseigneur Jaussen a continué son recueil des langues régionales et notamment de celle de Tahiti. Il a très rapidement publié un certain nombre de documents : une grammaire et un dictionnaire franco-tahitien, un catéchisme, un livre de prières, un résumé d’histoire sainte, un Nouveau Testament et une partie de l’Ancien Testament. Il travailla également sur la langue des îles Gilbert.
Mais son travail le plus connu et le plus érudit est sans conteste celui sur la langue de l’île de Pâques où il fut à la fois linguiste et ethnologue. Les habitants de l’île de Pâques, décimés par les maladies et les luttes intestines s’étaient en effet expatriés vers Tahiti. Monseigneur Jaussen pu rencontrer les quelques anciens survivants et grâce à ses contacts traduire le texte figurant sur des bois gravés (ou bois parlant) dont la signification aurait été perdue sans son travail (bois « La Rame, L’Échancrée, La Vermoulue, Le Miro »).
En 1884, monseigneur Jaussen demande et obtient d’être déchargé de ses responsabilités épiscopales ce qui lui permet de se consacrer à ses recherches ethnographiques et à son élevage.
Il s’éteint le 9 septembre 1891 laissant un souvenir durable à la population de l’ensemble des archipels polynésiens.
